晋祠博物馆占地面积12000平方米，建筑面积25000平方米，库房面积1000平方米，按中、北、南三部分进行规划布局。

中，即中轴线，从大门入，自水镜台起，经会仙桥、金人台、对越坊、献殿、钟鼓楼、鱼沼飞梁到圣母殿。这是晋祠的主体，建筑结构严谨。

北部从文昌宫起，有东岳祠、关帝庙、三清祠、唐叔祠、朝阳洞、待风轩、三台阁、读书台和吕祖阁。这一组建筑物大部随地势自然错综排列，以崇搂高阁取胜。南部从胜瀛楼起，有白鹤亭、三圣祠、真趣亭、难老泉亭、水母楼和公输子祠。这一组楼台计峙，泉流潺绕，颇具江南园林风韵。

最南部还有十方奉圣禅寺，相传原为唐代开国大将尉迟恭的别墅。祠北浮屠院内有舍利生生塔一座，初建于隋开皇年间，宋代重修，清代乾隆年间重建，为七级八角形，高30余米，每层四面有门，饰以琉璃勾栏。登塔远眺，晋祠全景在目。