晋祠创建年代不详，最早见于《水经注》，是为纪念晋国诸侯唐叔虞而建的祠堂，又名唐叔虞祠。

晋祠主体建筑圣母殿始建于北宋兴国九年（984年）。

北宋天圣年间（1023一1032年）追封周代晋国首位国君唐叔虞为汾东王，并为其母邑姜修建了圣母殿，晋祠得到了一次重大的扩展，其后又增加了金人台上的四躯铁铸太尉金人

金大定八年（1168年）增建献殿等建筑和文物，逐步形成了现有的祠宇规模。

后又经过历代经营擘划，中部水镜台、会仙桥、金人台、对越坊、钟鼓楼、献殿、鱼沼飞梁，以圣母殿为终端的中轴线建筑相继建成，成为晋祠的主体。

1952年，成立山西晋祠古迹保养所。

1990年，山西晋祠古迹保养所更名晋祠博物馆。

2022年10月7日起，晋祠博物馆闭馆。

2022年12月13日起，晋祠博物馆恢复开馆。